De kleine modderkruiper wordt 10 tot 14 cm groot. Het is een zeer beweeglijk, wormachtig visje met een fraai patroon van donkere vlekken op zijn flanken. Ter verdediging heeft hij een kleine uitklapbare stekel onder zijn oog. Aan zijn bek zitten zes korte tastdraden die hij gebruikt om `s nachts naar voedsel (kleine diertjes en detritus) te zoeken op de bodem. Overdag verschuilen ze zich in de modder. 's Nachts zwemmen ze graag.

Kleine modderkruipers komen in een groot aantal watertypen voor, zoals sloten, beekjes en meren, verspreid over heel Nederland. De soort ondervindt geen bedreigingen in Nederland voor wat betreft zijn overleving.

Door verbeterde inventarisatietechnieken (elektrische schepnetten) zal waarschijnlijk blijken dat de soort nog op een groter aantal plaatsen voorkomt in Nederland dan nu bekend is.